Update Workflow authored by Bruno da Silva Castilho's avatar Bruno da Silva Castilho
...@@ -3,9 +3,6 @@ Esta imagem provê o serviço de submeter trabalhos na fila do slurm e acompanha ...@@ -3,9 +3,6 @@ Esta imagem provê o serviço de submeter trabalhos na fila do slurm e acompanha
#### Links #### Links
- [repositório](https://codigos.ufsc.br/setic-hpc/workflow) - [repositório](https://codigos.ufsc.br/setic-hpc/workflow)
#### Planilha
Caso necessário a troca da planilha utilizada atualmente, deve ser feito a alterações no arquivo `/app/init.py` assim como nó `/app/*.json` seguindo os passos do [artigo](https://www.analyticsvidhya.com/blog/2020/07/read-and-update-google-spreadsheets-with-python/).
#### Variaveis de Ambiente #### Variaveis de Ambiente
- DB_HOST: endereço do banco de dados utilizado pelo slurm. - DB_HOST: endereço do banco de dados utilizado pelo slurm.
- DB_USER: usuário do banco de dados utilizado pelo slurm. - DB_USER: usuário do banco de dados utilizado pelo slurm.
...@@ -21,24 +18,41 @@ Caso necessário a troca da planilha utilizada atualmente, deve ser feito a alte ...@@ -21,24 +18,41 @@ Caso necessário a troca da planilha utilizada atualmente, deve ser feito a alte
#### Volumes #### Volumes
- /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock - **_Necessário para submeter os trabalhos na fila via docker exec (obs: o deploy desse container deve ser feito no mesmo nó que o container [slurmctld](https://codigos.ufsc.br/setic-hpc/slurm))_** - /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock - **_Necessário para submeter os trabalhos na fila via docker exec (obs: o deploy desse container deve ser feito no mesmo nó que o container [slurmctld](https://codigos.ufsc.br/setic-hpc/slurm))_**
#### Configs
- Devem ser adicionado o arquivo .json com as credencias dadas pela `Google Sheets API`, esse arquivo pode ser gerado utilizando o tutorial do artigo [Read and Update Google Spreadsheets with Python!](https://www.analyticsvidhya.com/blog/2020/07/read-and-update-google-spreadsheets-with-python/). Esse arquivo deve ser adicionado ao diretório `/home/app do container`, com o nome
`workflow.json` e a planilha utilizada deve ter como nome `Slurm`.
#### Stack #### Stack
```yaml ```yaml
# Este container tem que rodar no mesmo host do contaienr "slurmctld"
version: "3.5" version: "3.5"
services: services:
workflow: workflow:
image: registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/workflow:latest image: registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/workflow:latest
command: "init.py" command: "init.py"
deploy:
placement:
constraints:
- "node.hostname==docker-hpc0"
environment: environment:
DB_HOST: '{DB_HOST}' DB_HOST: 'master.mysql.setic.ufsc.br'
DB_USER: '{DB_USER}' DB_USER: 'slurm'
DB_PASSWORD: '{DB_PASSWORD}' DB_PASSWORD: 'slurmslurmslurm'
DB_DB: '{DB_DB}' DB_DB: 'slurm'
MAIL_SERVER: '{MAIL_SERVER}' MAIL_PORT: 587
MAIL_PORT: '{MAIL_PORT}' MAIL_SERVER: 'smtp.sistemas.ufsc.br'
MAIL_USER: '{MAIL_USER}' MAIL_EMAIL: 'hpc@sistemas.ufsc.br'
MAIL_PASSWORD: '{MAIL_PASSWORD}' MAIL_PASSWORD: 'hpchpchpc1'
MAIL_EMAIL: '{MAIL_EMAIL}' MAIL_USER: 'hpc'
NFS_HOST: '{NFS_HOST}' NFS_HOST: 150.162.6.1
volumes: volumes:
- /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock - /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock
configs:
- source: workflow_config
target: /home/app/workflow.json
configs:
workflow_config:
external: true
``` ```