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Create gromacs_2022.2
authored
Sep 27, 2022
by
Bruno da Silva Castilho
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gromacs_2022.2.md
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#### Links
-
[
Repositório
](
https://codigos.ufsc.br/bioinfo/gromacs-2022.2
)
-
[
Modelo de teste
](
http://www.mdtutorials.com/gmx/membrane_protein/Files/KALP-15_princ.pdb
)
#### Instalação
-
Faça o download da imagem em seu computador:
```
registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/gromacs-2022.2:latest
```
#### Utilização
-
Para utilizar o serviço, deve ser iniciado o container, compartilhando o diretório dos modelos com a pasta
`/input`
do mesmo e executado o comando para inicialização do processamento:
```
docker run -v "/home/modelos:/input" --rm registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/gromacs-2022.2:latest bash -c "gmx pdb2gmx -f KALP-15_princ.pdb -o KALP-15_processed.gro -ignh -ter -water spc"
```
(Nota: Os modelos estavam no diretório
`/home/modelos`
do host e foi executado o modelo
`projeto1`
.)